L'impegno finanziario oggi si è precisato: da parte della Soprintendenza per i Beni Ambientali e Architettonici risulta di un miliardo nell'arco del triennio 1997-1999 e altrettanto sarà il finanziamento erogato dalla Fondazione; ma l'attenzione sulla chiesa e le sue urgenze non è calata in attesa del 1997: dal giorno della solenne ed emozionante inaugurazione del transetto, finalmente agibile perché risanato nelle strutture, a oggi i lavori sono infatti proseguiti su diversi fronti.
In primo luogo, le tre tele di Carlo Bononi che appartengono al soffitto del transetto e che rappresentano altrettanti momenti fondanti della storia spirituale di Santa Maria in Vado (il Miracolo del Preziosissimo Sangue, l'Incoronazione della Vergine e la Condanna dell'eresia dei Gazari e dei Patarini), staccate dal soffitto nell'ottobre 1995, il 26 marzo 1996 sono state mostrate al pubblico in fase di restauro nell'apposito spazio cantiere allestito nella navata sinistra della chiesa; già allora era visibile il nuovo telaio a molle che garantisce una tensione variabile della tela e, quindi, la durabilità dell'attuale intervento, la nuova foderatura e i primi tasselli di pulitura della superficie pittorica; oggi, terminato il lavoro, si rimane sorpresi dalla vivacità dei colori a cui la completa pulitura ha restituito brillantezza, dalla qualità pittorica, da forza e bellezza di alcune scene e figure finalmente apprezzabili dopo l'attenta ricomposizione delle lacune, godibili a maggior ragione dal punto di vista ravvicinato che oggi il restauro a terra ci consente.
Un Bononi "inedito", tutto da rivedere da parte dei critici, costituisce quindi una delle prime novità dei lavori a cui di mese in mese si aggiungono altri piccoli tasselli di conoscenza: come quelli, già acquisita dal precedente lotto, della scoperta della decorazione tardo quattrocentesca dei pennacchi scampati al crollo della cupola a seguito del terremoto del 1570, o dei residui dell'intonaco rosso a finto mattone del corpo absidale, che gettano nuova luce sull'assetto architettonico della basilica ai tempi dell'opera di Biagio Rossetti e sugli adeguamenti realizzati alla fine dei Cinquecento. L'impegno più gravoso del cantiere in questi mesi riguarda però soprattutto l'esterno e la copertura della navata di sinistra, nel lato che si affaccia verso via Scandiana.
Anche qui Santa Maria in Vado non rinuncia a proporsi come "eccezionale": nel senso purtroppo negativo di un degrado delle strutture lignee della copertura, delle strutture murarie e dell'apparato decorativo in cotto, che non ha paragone in altre fabbriche del Rinascimento ferrarese.
In particolare, quest'ultimo aspetto - il degrado delle decorazioni in cotto - assume qui proporzioni devastanti: la scarsissima qualità delle formelle a stampo, probabilmente a suo tempo realizzate con argilla mal cotta, la pessima posa in opera, che oggi fa sì che intere parti delle lesene e dei capitelli siano staccati dal corpo murario, la vastissima disgregazione del cotto che, non più protetto dagli scialbi originali, lascia cadere porzioni di materiale. A ciò si aggiunga la cattiva esecuzione delle murature portanti (per le quali evidentemente l'esecutore per conto di Biagio Rossetti, Bartolomeo Tristani, non aveva predisposto alcuna cura) e la naturale azione del tempo e degli agenti atmosferici.
A questi gravissimi fenomeni di decadimento si sta rispondendo con soluzioni tecniche miste, che contemplano tanto la conservazione in situ delle parti recuperabili, quanto la sostituzione delle formelle decorative ormai consunte con altre identiche per dimensione, disegno e materiali; un gruppo di giovani artigiani ferraresi sta già producendo stampi e formelle per le sostituzioni, con la consulenza dell'Istituto di Mineralogia dell'Università di Ferrara per quel che attiene alle verifiche sui materiali, in particolare le caratteristiche dell'argilla di partenza e la sua lavorazione.
Il lavoro sull'involucro esterno si preannuncia perciò particolarmente delicato e complesso, come quello che - listello per listello, formella per formella - tenta di mantenere alle future generazioni uno dei più interessanti esempi dell'architettura in cotto con cui la Ferrara dell'età estense era sistematicamente abbellita.