La realizzazione assume un alto valore urbanistico nel ridisegno del centro della città di Ferrara, avviato da Ercole I. Si costruisce un corpo di fabbrica collegato al Palazzo Ducale, ma proiettato verso la fortezza, un cardine architettonico che unisce il quartiere estense dalla corte vecchia di Borso al Castello e al giardino del Padiglione, avviando definitivamente da quel momento per tutto il corso del Cinquecento la trasformazione del maniero in palazzo.Sono soprattutto gli storici dell'arte che si interessano all'appartamento di Alfonso I sulla via Coperta, negli ultimi anni anche sotto l'impulso dei lavori di restauro che erano in corso, per lo straordinario valore delle collezioni d'arte che il duca raccolse in quelle sale. Vasari, nella vite di Girolamo da Carpi e di Tiziano, fece riferimento alle pitture che Alfonso I d'Este aveva raccolto nel proprio studio; Giuseppe Campori, alla fine dell'Ottocento, individuò sotto la dicitura dei 'camerini di alabastro' il luogo di provenienza delle importanti opere pittoriche di Tiziano e delle sculture di Antonio Lombardo.
Con il fondamentale lavoro di Amalia Mezzetti, che nel 1965 pubblica la stima dell'appartamento sulla via Coperta eseguita nel 1958 da Vincenzo Benambri, prende avvio un ricco dibattito che vede l'apporto di Charles Hope nel 1971, di Dana Goodgal nel 1978, di Louise Brown nel 1987, di Jadranka Bentini nel 1998, di Alesssandro Ballarin nel 2002 e di Lorenzo Finocchi Ghersi nel 2005.
Da questo si comprende l'altra grande valenza dell'appartamento di Alfonso, legata ai capolavori che vi furono raccolti dal duca, opere di grande importanza artistica, oggi vanto dei più grandi musei del mondo come l'Ermitage di San Pietroburgo, il Prado di Madrid, il Louvre di Parigi, la National Gallery di Londra, la National Gallery of Art di Washington, la Gemaldegalerie Alte Meister di Dresda e tanti altri. Alfonso chiamò a decorare quelle pareti artisti come Bellini, Tiziano, Raffaello, Dosso Dossi, Antonio Lombardo, dando un impulso fondamentale alla formazione di una collezione che si rivelerà una delle più ricche e singolari del rinascimento.
Aperto il cantiere nel gennaio del 2002, sulla via Coperta dei favolosi camerini furono ritrovati solo due portali in marmo con la scritta 'Alfonsus Dux III'.
Le fonti d'archivio confermavano la presenza in queste stanze di decorazioni preziose: 'Solaro sfondà a nicchio nel mezo rosoni[...]solaro de intaglio a foiami[...]solaro adorato a quadroni intaià a forami con rosoni?[...]selegà della camera contigua de marmoro roso e biancho a mandolla[...]selegà de marmoro bianco fato a mandolla[...]nappa de marrmoro con frisio, et architrave, con colonne quadrate sino in terrad'un camin francese[...]bachaliti de marmoro cornisà alle fenestre di Camarini[...] (Archivio di Stato di Ferrara. Misura e stima delle Fabbriche poste in Ferrara di S.A. il principe Duca don Cesare d'Este duca de Modena, redatta dal Perito agrimensore Bartolomeo Colletta nel 1600).
Dei cassettoni dorati, dei pavimenti in marmi policromi intarsiati, dei caminetti, dei bracieri, delle panche in marmo, descritti da documenti e stime, non rimaneva alcuna traccia in un luogo che, una volta abbandonato dagli Este e svuotato dei capolavori d'arte, a partire dal 1598 divenne residenza dei cardinali legati prima e dei prefetti del Regno e della Repubblica Italiana poi.
Con un forte approfondimento documentario, con una lunga ricerca archeologica sul sito, con la collaborazione di Charles Hope e di altri importanti studiosi come Gregor Weber, Sergej Androssov, Anne Markham Schulz, Jadranka Bentini, attraverso due convegni di studio appositamente organizzati dalla Provincia di Ferrara nel 2002 e nel 2005, grazie ai risultati di ricerca affrontati da tre mostre - 'Il trionfo di Bacco. Capolavori della scuola ferrarese a Dresda', a Ferrara nel 2002; 'Tiziano', a Londra nel 2003; 'Il Camerino di alabastro. Antonio Lombardo e la scultura all'antica', a Ferrara nel 2003 - la ricostruzione dell'appartamento di Alfonso I era pronta per essere riproposta in cantiere.
Due sono gli obiettivi fondamentali seguiti nella ricostruzione delle stanze che componevano l'appartamento di Alfonso I: riproporre uno dei luoghi più importanti nella storia urbanistica di Ferrara e in particolare di quella porzione del centro storico rappresentativa del vecchio quartiere estense; riallacciare il legame fra residenza estense e collezioni d'arte in uno dei luoghi del Castello più significativi ove architettura e decorazione avevano uno strettissimo connubio creativo. I lavori di recupero sono terminati nel gennaio del 2006, con l'importante supporto in fase esecutiva di Paolo Marconi, e hanno ridato una veste architettonica ai 'Camerini di alabastro' nella loro sequenza originale, consentendo fra l'altro agli studiosi di poter riprendere i loro approfondimenti in materia di iconografia e sulla dislocazione delle opere conservate un tempo fra queste mura.
La ricostruzione dell'appartamento ripropone tutti i sei ambienti di cui era composto; l'anticamera, il primo salotto, il secondo salotto o camera del poggiolo, la camera da letto di Alfonso o Camerino 'adorato', il Camerino dei marmi ed il Camerino delle pitture o dei baccanali.
Soprattutto in questi ultimi ambienti, in chiave didattica, proprio per il citato strettissimo legame fra ideazione architettonica e creazione artistica per la decorazione, sono state riproposte le opere pittoriche e scultoree loro dedicate.
Gli ambienti dell'appartamento di Alfonso sopra la via Coperta, così come un tempo furono il prezioso scrigno del tesoro artistico degli Este saranno destinati a ospitare le mostre temporanee del Castello. Dotate dei più sofisticati sistemi di sicurezza e di controllo climatico, le sale potranno consentire la prosecuzione di un programma espositivo legato alla consistenza, alla diaspora e alla fortuna delle collezioni estensi, alla storia del Castello e alla storia della città di Ferrara e del suo territorio.