Da un lato infatti il governo di Napoli da cui dipendeva anche Catania aveva dichiarato, senza aver alcuna autorità, l'abolizione dell'Ordine, mentre dall'altro l'impero d'Austria si era assunto la protezione dell'Ordine e perciò Roma favorì la nuova sede che, pur appartenendo allo Stato Pontificio, ospitava anche una guarnigione austriaca e inoltre non era distante molte miglia dai possedimenti asburgici. Così protetti e degnamente ospitati in una città come Ferrara di nobilissime tradizioni cavalleresche, i gerosolomitani diedero l'avvio, come scrisse Ostoja, "ad una singolare mirabile sovranità spirituale e ad una organizzazione che avrebbero permesso in continuazione di quelle superbe opere ospitaliere che l'Ordine aveva iniziato fin dal XI secolo a Gerusalemme."
Perduta l'isola, i Cavalieri di Malta, ai quali il Trattato di Amiens ne aveva riconosciuto il diritto, dovettero migrare, dapprima a Catania, poi a Ferrara dove rimasero per otto anni fino al 1834.Nel 1826 il Luogotenente dell'Ordine, Frà Antonio Busca dei Marchesi di Lamagna (1767-1834) giunse nell'antica città estense insieme ai commendatori Angelo Ghislieri di Jesi ed Alessandro Borgia di Velletri. Accolti dal Cardinale Tommaso Arezzo, Legato di Ferrara e già Nunzio presso lo Zar di Russia (ricordiamo che Paolo I era stato proclamato Gran Maestro dell'Ordine, benché fosse di religione ortodossa), i Cavalieri presero alloggio nel palazzo Bevilacqua (poi Massari) dove impiantarono la cancelleria e svolsero la loro azione con lo spirito che li aveva animati per secoli nella difesa della fede cristiana. Il Cardinale Arezzo offerse ai Cavalieri la chiesa e l'antico convento dei Canonici Lateranensi. Il tempio a croce greca e dedicato a San Giovanni Battista, ricco di opere d'arte, è stato dottamente illustrato in un'opera dedicata appunto a La chiesa di San Giovanni Battista e la cultura ferrarese del Seicento pubblicato a Milano nel 1981 con contributi di valenti studiosi tra i quali Alessandra Farinelli Toselli, cui si deve, oltre ad una Bibliografia analitica degli scritti relativi alla chiesa, un documentato saggio su Vicissitudini dell'Ordine dei Cavalieri di Malta nei primi anni dell'Ottocento, secondo l'archivio dell'Ordine in Roma, Incartamento Busca (1821 -1834). Una ricca bibliografia illustra la presenza e le memorie dei Cavalieri in Ferrara, a cominciare da I Cavalieri dell'Ordine di San Giovanni di Gerusalemme ovvero di Malta di Vincenzo Cicognara, fino ai Cavalieri ed edifici dell'Ordine di Malta e Ferrara di Monsignor Dante Balboni pubblicata dal Lions Club-Ferrara Host, nel 1989.
In questo libro, tra l'altro, si parla dei luoghi di culto legati ai cavalieri gerosolomitani. Vi era infatti a Ferrara un ospedale cui si affiancò una chiesa intorno alla metà del secolo XII di cui parla la Chronaca parva ferrariensis a proposito della fondazione di Guglielmo II degli Adelardi che accompagnò l'Imperatore Corrado III alla seconda Crociata. Il complesso di San Giovanni detto la Trinità fu distrutto dopo la soppressione del 1798 e con esso venne anche a mancare la relativa commenda eretta insieme ad altri luoghi posseduti dai gerosolomitani. Tra essi Santa Maria in Betlemme di Mizzana, fabbricata nello stesso secolo nella forma medesima della cappella del Santo Sepolcro, Santa Maria della Rosa distrutta "non tanto dalle bombe, quanto dai calcoli interessati da chi doveva tutelarla", come scrive Mona Balboni. Nel 1944 per fatti bellici molto scomparve come la chiesa di San Giovanni Battista a Pontelagoscuro di cui trattano M. Petrone e G. Salvioli ne Il Lago-scuro ponte per la città (Ferrara 1987), mentre Monsignor Antonio Samaritani ne ha illustrato particolarmente il culto e l'ospedale "tra pellegrini ed eremiti nel basso medioevo" (p. 147-149). L'onore fatto a Ferrara per la residenza dell'Ordine, che, dopo la bufera napoleonica stava ricostituendosi, non venne dimenticato dopo che il Priore di Capua Carlo Candida succeduto al Busca, ottenne da Gregorio XVI il trasporto della sede a Roma, dove il nuovo luogotenente ricopriva la carica di ministro plenipotenziario presso la Santa Sede. Il breve pontificio è datato 2 giugno 1834.Ma c'è anche un motivo più recentemente affermato che consolida questa memoria in Ferrara. Nel 2004 e 2005 venne esposto nella mostra curata da Vittorio Sgarbi (Le ceneri violette di Giorgione: Natura e Maniera tra Tiziano e Caravaggio) un recente acquisto, prestato dalla Cassa di Risparmio di Ferrara a questa mostra mantovana, "opera di un pittore in cui legame con la nostra città è stato di eccezionale importanza: Tiziano Vecellio erede diretto di Giorgione", (come scrive Valentina Lapierre in "Ferrara. Voci di una città", 21, dicembre 2004 pag. 9). Si tratta del ritratto di Gabriele Tadino comandante generale dell'artiglieria di Carlo V valoroso cavaliere ed esperto nell'arte bellica, qui effigiato con un collare d'oro e la croce dei gerosolomitani e, quanto al volto, con i segni della mutilazione dell'occhio destro riportata in combattimento.
Oggi nella serie di ventimila francobolli emessi dalle Poste Magistrali del Sovrano Militare Ordine di Malta la nobile figura di quel cavaliere campeggia in una sorte di galleria di quelli che furono tra i migliori e più illustri suoi membri.