Con le soppressioni napoleoniche il complesso divenne prima caserma, ospedale militare e successivamente sede della Gendarmeria Reale. Passato poi a fine Ottocento in proprietà comunale divenne sede della Scuola di Veterinaria e poi del Civico Museo di Storia Naturale: per l'allestimento venne realizzato un solaio che divise in due l'ambiente - di tale intervento la Crocifissione riporta ancora un segno orizzontale che la solca circa a metà. Gli affreschi vennero portati all'attenzione della pubblica amministrazione già nel 1904 da Pietro Niccolini, a quell'epoca Ispettore Onorario ai Monumenti, che li descrisse in una breve relazione segnalando il loro cattivo stato di conservazione. In seguito a ciò il Comune di Ferrara fece staccare alcuni frammenti, di cui non è rimasta traccia, dal pittore e restauratore Giuseppe Mazzolani.Bisognerà attendere il 1916 per una nuova segnalazione del "caso" di Santa Caterina Martire e dei suoi affreschi. In quell'anno, infatti, il Conte Olao Gulinelli, proprietario dello stabile confinante con la chiesa, chiederà al Comune di Ferrara il permesso di acquistarla per demolirla e costruire case d'affitto su quell'area. Fortunatamente, ciò non avvenne grazie all'interessamento di Giuseppe Gerola, Soprintendente a Ravenna, e di Corrado Ricci, Direttore Generale delle Antichità e Belle Arti; in tale occasione le pitture sono descritte intrise d'umidità: quindi mal conservate.
Si passa poi agli anni Trenta del secolo scorso, periodo in cui il Comune di Ferrara allestì all'interno della chiesa alcune scuole, giungendo così alla decisione dello stacco completo degli affreschi che furono descritti dettagliatamente nel 1935 in una relazione di Cesare Brandi che allora ricopriva il ruolo di Ispettore per la Regia Soprintendenza alle Gallerie di Bologna. Incaricato dello stacco delle pitture fu il restauratore Enrico Podio, che nel 1936/37, portò a termine le operazioni di trasporto degli affreschi, depositati nella Pinacoteca Comunale e poi nel 1956 musealizzati a Casa Romei.
Ma in tutto ciò rimaneva sempre la presenza della grande lacuna visibile nella Crocifissione. Recentemente, grazie allo studio sistematico degli archivi delle Soprintendenze, del Comune di Ferrara e dell'Archivio di Stato sono riuscito a risolvere il dilemma. Nell'Ottocento, infatti, il Comune di Ferrara affidava i lavori di restauro dei propri tesori d'arte ad artisti e restauratori di chiara fama provenienti da grossi centri come Firenze, Roma o Milano.
Successivamente, a causa della scarsità di fondi a disposizione per le operazioni di restauro, si preferì incaricare dei lavori di restauro maestranze locali e proprio nel 1847 un pittore e restauratore ferrarese, Giuseppe Saroli, distaccò un frammento dalla Crocifissione di Santa Caterina Martire, rappresentante le "Tre Marie", per dar prova alla commissione comunale delle proprie capacità in tali operazioni. Il frammento rappresentante la Vergine che sviene tra le braccia di due donne ai piedi della Croce rimase nella collezione del Saroli e passò in proprietà al genero Riccardo Lombardi, il quale la vendette a inizio Novecento al Duca Galeazzo Massari. Ecco come si formò la grande lacuna nella Crocifissione e la storia del tassello mancante oggi recuperato nella sua completezza originaria come appare nella composizione fotografica che qui presentiamo. La quadreria Massari venne descritta da Nino Barbantini nel 1917, ne La Galleria del Duca Francesco Massari Zavaglia a Ferrara, in cui è già riportato il nostro frammento, a pagina 28, descritto come: "Pittura murale rilevata su tela rappresentante le MARIE AI PIEDI DELLA CROCE. Misura 1,28 x 0,76 epoca 1400-1500. Del brano di affresco si hanno notizie sino al 1935, anno in cui è citato nella già ricordata relazione del Brandi, periziato dallo storico Luigi Grassi e dall'Ing. Stefano Gatti Casazza (che lo valutava in £ 50.000) e già a quell'epoca era passato in eredità a Maria Teresa Massari Ricasoli, nipote di Galeazzo, che lo conservava nella sua villa a Voghenza. Il professor Carlo Volpe ribadirà poi l'attribuzione data dal Barbantini in un inventario critico (inedito) steso nel 1970, indicando il pezzo come le "Marie dolenti".
Creduto perso, ostinatamente non ho voluto credere a tale ipotesi e ho perseverato nella ricerca finché, consultando ulteriori documenti archivistici, sono riuscito a giungere a una raccolta privata dove è tuttora conservato il frammento di pittura murale delle "Tre Marie", di cui ci siamo occupati.
L'autore desidera rivolgere un sentito ringraziamento all'avvocato Paolo Ravenna per il suo prezioso aiuto.